Organizátor Československej národnej rady
Štefánik sa vrátil do Paríža, kde ho de Jouvenel zoznámila s najvyššími politikmi: ministerským predsedom Aristidom Briandom a najvplyvnejším mužom francúzskeho ministerstva zahraničia Philippom Berthelotom. Štefánik tu naďalej presadzoval plán vytvorenia česko-slovenského štátu. Dňa 13. decembra 1915 sa stretol s E. Benešom a spoločne sa stotožnili so Štefánikovými i Masarykovými koncepciami o vytvorení spoločného štátu. Štefánik si vytýčil novú úlohu vytvoriť riadiace centrum pre spoločný odboj Slovákov a Čechov, ako aj zriadiť samostatné česko-slovenské vojsko a presadiť ho medzi politikmi. O týchto plánoch informoval ministerského predsedu Aristida Brianda a dohodol stretnutie medzi ním a Masarykom. V tom čase Štefánika opäť začala trápiť choroba a musel byť hospitalizovaný. Masarykovi sa počas stretnutia podarilo získať Brianda pre svoju koncepciu riešenia stredoeurópskej otázky. Štefánik medzitým neustále presadzoval vytvorenie ústredného reprezentatívneho orgánu zahraničného odboja. Tak vznikla vo februári 1916 „Národná rada krajín českých“ (Conseil national des Pays Tchèques), ktorá sa neskôr premenovala na Československú národnú radu. Jej predsedom sa stal T. G. Masaryk, podpredsedami J. Durich a M. R. Štefánik a generálnym tajomníkom E. Beneš. Sídlila na Rue Bonaparte 18 a jej hlavnými tlačovými orgánmi sa stali časopisy La Nation Tchèque (Český národ) a Československá samostatnosť. Súčasne začala rada organizovať česko-slovenské vojsko v zahraničí.
Keď sa Štefánikov stav zlepšil, odišiel do Talianska. Ako letec zhadzoval na talianskom fronte letáky určené najmä Čechom a Slovákom a okrem toho chcel získať talianske vojenské a politické kruhy pre česko-slovenskú koncepciu strednej Európy, v ktorej sa o. i. počítalo s vytvorením juhoslovanského štátu. Postoj Talianska k juhoslovanskej otázke bol však odmietavý.
Po návrate do Paríža sa Štefánik intenzívne venoval otázke ustanovenia samostatného česko-slovenského vojska. Za týmto účelom odcestoval do Ruska. Dňa 25. augusta 1916 sa dostal v Mogiľove ku Mauriceovi Janinovi, veliteľovi francúzskej vojenskej misie v Rusku. Janin zaviedol Štefánika k náčelníkovi generálneho štábu Alexejevovi a k cárovi Mikulášovi a podarilo sa mu posilniť postavenie ČSNR vo vojenských kruhoch. Dňa 29. augusta podpísali Durich a Štefánik spolu s predstaviteľom amerických Slovákov G. Košíkom tzv. Kyjevskú dohodu, ktorou spoločne uznali ČSNR za vedúci orgán českého a slovenského hnutia v zahraničí. Francúzske velenie potom poslalo Štefánika do Rumunska, kde sa mu zakrátko podarilo získať 1 500 dobrovoľníkov. Začiatkom roku 1917 sa vrátil do Ruska. Po počiatočných komplikáciách s procársky orientovaným Durichom, ktorý nerešpektoval dohody, napokon Štefánikova misia v Rusku slávila úspech. Napomohla tomu svojou podporou aj nová dočasná vláda, ktorá vznikla po páde cárizmu a postavenie ČSNR sa upevnilo. Dňa 2. júna 1917 odplával Štefánik do USA. Prvou úlohou bol nábor dobrovoľníkov, ktorých sa mu napokon podarilo získať 3 000. Druhou mala byť konsolidácia krajanov v USA a získanie ich podpory pre ČSNR. Jeho činnosť bola úspešná a politickú aktivitu medzi osobnosťami v Amerike ocenili aj francúzske kruhy a 20. októbra bol Štefánik vyznamenaný krížom dôstojníka čestnej légie. Po návrate do Paríža sa Štefánik zapojil do diplomatických rokovaní o ustanovení samostatnej česko-slovenskej armády. Výsledkom bol „Dekrét o vytvorení Česko-slovenskej armády vo Francúzsku“, ktorý vydala francúzska vláda 16. decembra 1917. Podľa tohto dekrétu a neskôr vydaného štatútu sa vytvorila samostatná Česko-slovenská armáda, ktorá politicky podliehala ČSNR v Paríži. V Paríži sa Štefánik opäť stretol s Janinom. Ten potom so súhlasom francúzskeho velenia prijal funkciu veliteľa vytvárajúceho sa česko-slovenského vojska (10 000 vojakov).
