Tragická nehoda
Na rodnú vlasť sa Štefánik veľmi tešil, lebo ju nenavštívil od smrti svojho otca (1913). Dňa 4. mája 1919 nastúpil Štefánik na letisku Campoformido pri Udine do lietadla typu Caproni 450 (č. 11 495), sprevádzaný dvoma talianskymi letcami, poručíkom Giottom Mancinelliom Scottim a seržantom Umbertom Merlinom, a mechanikom-rádiotelegrafistom Gabrielom Aggiustom. Cieľom jeho cesty bolo letisko vo Vajnoroch pri Bratislave. Lietadlo však nepristálo, pretože keď sa už blížilo k miestu pristátia, náhle sa zrútilo neďaleko Ivanky pri Dunaji v kat.území obce Most pri Bratislave. M. R. Štefánik a všetci členovia posádky boli na mieste mŕtvi.
Milan Rastislav Štefánik je pochovaný v mohyle na Bradle, vrcholnom diele architekta Dušana Jurkoviča.
Oficiálna verzia
Havária lietadla sa precízne nevyšetrila a úplne nevysvetlila. Podľa oficiálnych správ bolo príčinou zlé počasie (čo však svedecké výpovede vyvrátili – v ten deň bolo slnečno a slabý vietor), technická porucha lietadla (avšak škody spôsobené na stroji, veľké možnosti na núdzové pristátie a svedkami opisovaný výbuch viditeľný zo vzdialenosti vyše 10 km tomu nenasvedčuje) a streľba Maďarov (táto teória je však veľmi nepravdepodobná). Oficiálne vyšetrovanie tragickej nehody M. R. Štefánika čs. úradmi sa uskutočnilo až v roku 1926 - 1928.
Teória o atentáte
Podľa Emila Karola Kautského, zaoberajúceho sa analýzou historických okolností Štefánikovej smrti, majú nepriame dôkazy a štúdium povojnového vývoja v Česko-Slovensku naznačovať, že sa stal obeťou stretu francúzskeho a talianskeho geopolitického záujmu v strednej Európe či mocenských ambícií Edvarda Beneša a Tomáša G. Masaryka. Tomuto faktu nasvedčuje prudké nepriateľstvo medzi Štefánikom a Benešom po odhalení Benešovej tajne podpísanej zmluvy s Francúzskom (v neprospech Talianska) a po zistení spreneverenia darov zahraničných Slovákov na chod česko-slovenských légií. Podľa zástancov tejto teórie sú dôkazmi o atentáte pitevná správa, priebeh nehody ako aj fakt, že svedecké výpovede obsahujúce zmienku o streľbe boli vyšetrujúcimi orgánmi ignorované. Niektorí svedkovia tvrdili, že počuli streľbu alebo videli vojakov z kasární páliť na lietadlo. Podľa svedeckej výpovede pplk. Rudolfa Fabiána, sa na lietadlo strieľalo aj napriek tomu, že letci leteli nízko, kričali a mávali bielymi vreckovkami. Taktiež sa domnieval, že „možné by bolo, že vlastné hliadky rozostavené pri Ivánke na lietadlo strieľali.“ Za ďalší dôkaz je považovaný príbeh rádiotelegrafistu Jiřího Formana, uverejnený 26. mája 1996 v českých novinách Nedělní hlasatel vydávaných v Kanade. Podľa neho dostali prvé hlásenie o Štefánikovom prílete, no v druhom hlásení bolo lietadlo označené za nepriateľské a vydaný rozkaz na jeho zostrelenie. Z obavy o stíhanie spolu so svojim kolegom, taktiež svedkom incidentu, emigrovali do Francúzska. Po návrate do vlasti sa nedokázali skontaktovať s priateľmi z jednotky, pretože už nežili (podľa príbuzných sa stali obeťami havárie, našli ich obesených a pod.). Táto teória preto predpokladá, že nepohodlní svedkovia boli postupne odstránení tajnou políciou.
