Vojenská kariéra
Začiatok vojny Štefánika neprekvapil, lebo ho predvídal už niekoľko rokov predtým. Vo vojne však videl hlavne možnosť osamostatnenia Slovákov a tento čin spájal od začiatku s Čechmi. Vzhľadom na jeho zlý zdravotný stav však nemohol hneď odísť na front a dostal sa tam až začiatkom roka 1915. Nastúpil do vojenskej leteckej školy v Chartres a dňa 11. apríla získal diplom pilota a hodnosť desiatnika. V hodnosti podporučíka potom nastúpil na západný front. Slúžil v prieskumnej peruti MF 54. Uskutočnil množstvo prieskumných letov, pri ktorých sledoval pohyby nepriateľských vojsk, navádzal delostreleckú paľbu. Ako prvý v danom úseku frontu začal zavádzať meteorologickú službu. Aj ako letec však mal stále na vedomí osamostatnenie Čechov a Slovákov a snažil sa o vytvorenie samostatnej česko-slovenskej dobrovoľníckej jednotky. V auguste 1915 vďaka svojim bojovým úspechom a priekopníckej práci v oblasti vojenskej meteorológie mu bolo ponúknuté miesto veliteľa meteorologickej služby francúzskej armády. Štefánik to však odmietol, a namiesto toho opäť požiadal o preloženie do Srbska.
Začiatkom septembra 1915 ho poslali na srbský front, kde toto svoje snaženie ešte viac rozvíjal. Pri evakuácii z letiska v Niši však na lietadle havaroval a na úteku potom Štefánika opäť prepadla žalúdočná choroba. Život mu vtedy zachránili priatelia Raoul Labry a Michael Bourdon a dopravili ho do Ríma, do tamojšej Nemocnice kráľovnej matky. Tam spoznal aj pani Claire de Jouvenel, ktorá mu horlivo pomáhala aj v jeho boji za osamostatnenie Slovenska. V jej parížskom salóne, ktorý navštevoval, sa stretol v roku 1915 s ďalšou svojou obdivovateľkou Louise Weissovou, neskôr novinárkou a členkou Francúzskej akadémie (1975), ktorá mu tiež pomáhala šíriť myšlienku vzniku česko-slovenského štátu. Nebol čechoslovakistom, vo všetkých medzinárodných dohodách, ktoré M.R. Štefánik pripravil alebo ich podpisoval, uvádzal v názve Česko-Slovensko s rozdeľovníkom. Prípadne obe krajiny písal osobitne Česko a Slovensko. Vytvoril prvý návrh štátnej vlajky spolu s Vojtěchom Preissigom, prvýkrát publikovaný v roku 1915 na známkach v USA.
